Caractérisation
de protéines.
Nous sommes biodesigners de protéines
Nous sommes en mesure de vous proposer la plupart des méthodes disponibles, des plus simples aux plus sophistiquées, afin de caractériser vos protéines d’intérêt d’un point de vue fonctionnel et structural. Nous utilisons pour cela, soit nos équipements internes, soit les plateformes de nos partenaires. Selon votre projet, nous vous accompagnons pour déterminer la meilleure technique à utiliser pour quantifier et qualifier votre protéine, pour étudier son activité ou analyser les interactions qu’elle met en jeu avec des ligands ou encore déterminer sa structure tridimensionnelle.
Ci-après l’ensemble des méthodes que nous utilisons soit de manière standard (SDS-PAGE et Western Blotting), soit en option :
Études qualitatives
Pour garantir la qualité des protéines que nous avons synthétisées pour vous ou que vous avez produites, nous vous proposons nos services d’analyses qualitatives. Ces analyses nous permettent notamment de déterminer le niveau de pureté de la protéine d’intérêt, de valider son identité et d’étudier l’homogénéité de la solution obtenue.
Certaines analyses telles que le contrôle par SDS-Page et l’analyse par Western-blot sont incluses dans nos offres de production de protéines afin de s’assurer de la pureté et de l’identité du produit obtenu.
Nous pouvons en fonction de vos besoins compléter cette offre par différentes méthodes permettant une étude plus approfondie. Ainsi nous vous proposons, entre autres, de vérifier l’identité et l’intégrité de la protéine par spectrométrie de masse, d’analyser l’état d’oligomérisation par SEC, SEC-MALS ou DLS et d’étudier la stabilité de la protéine par TSA. Nous pouvons également contrôler la présence d’endotoxines et vérifier la stérilité du produit.
Méthodes – Information sur la protéine/l’échantillon
SDS-PAGE (conditions réductrice et non-réductrice) – Pureté
Western blotting – Identité et intégrité
Spectrométrie de masse – Poids moléculaire exact et séquence
Size Exclusion Chromatographie (SEC) – Etat oligomérique et pureté
Thermal Shift Assay (TSA) – Stabilité de la protéine
LAL – Dosage des endotoxines
Étude de stérilité – Contamination
RP- & SE-HPLC – Identité et pureté
nanoDSF – Stabilité et repliement
Études quantitatives
Afin de caractériser au mieux les protéines produites dans nos systèmes, acellulaire ou cellulaire, nous proposons différentes méthodes de quantification pour répondre à vos besoins spécifiques.
Ainsi nous incluons de façon standard un dosage UV afin de déterminer la concentration de la protéine obtenue en solution, ou pour les protéines produites en protéoliposomes, une quantification sur gel SDS-PAGE.
Nous pouvons également en fonction de vos projets, réaliser d’autres quantifications telles que des essais colorimétriques de type Bradford ou Pierce et des dosages d’acides aminés.
Méthodes – Information sur la protéine/l’échantillon
SDS-PAGE – Quantité spécifique
Dosage UV – Quantité totale de protéines
Dosage colorimétrique – Quantité totale de protéines
Dosage d’acides aminés – Quantité totale
Étude des interactions
Les interactions entre protéines sont à la base de la majorité des processus cellulaires et sont indispensables à un grand nombre de fonctions dans le monde du vivant. Ces interactions sont notamment impliquées dans la transduction de signaux, la formation de complexes protéiques, le transport de protéines, l’activation ou l’inhibition de voies métaboliques…
Nous vous proposons d’étudier les interactions de votre protéine d’intérêt avec son ligand. Il existe de nombreuses méthodes d’investigation des interactions protéine-protéine. Chaque méthode ayant ses avantages et inconvénients. Nous vous proposons une grande variété de techniques : SPR, BLI, ITC, FRET ou MST notamment afin de pouvoir choisir la plus adaptée à votre projet.
Nous avons accès pour ces analyses, aux instruments suivants :
Monolith NT.115 (MST)
Octet® RED96e (BLI)
Biacore T200 (SPR)
PEAQ-ITC (très sensible et nécessite de petits volumes d’échantillons)
Méthodes – Information sur la protéine/l’échantillon
ELISA
Microscale thermophoresis (MST) – Spécificité et affinité
BLI – Spécificité et affinité
SPR – Spécificité, Kd, Kon, Koff
PEAQ-ITC – Stoechiométrie de liaison (n), constante d’affinité (KD), et variations d’enthalpie (ΔH) et d’entropie (ΔS)
Étude d’activité
Nous pouvons vérifier l’activité de vos protéines grâce à des tests d’activité enzymatique, des tests électrophysiologiques sur Orbit Mini (Nanion) et nous pouvons également en fonction de vos besoins développer et réaliser des tests d’activités à façon.
Méthodes – Information sur la protéine/l’échantillon
Patch-clamp – Activité de canal
Activité enzymatique – Fonctionnalité
Tests à façon – Fonctionnalité
Liaison de radio-ligand(s) – Activité spécifique
Études structurales
Enfin, nous pouvons vous proposer plusieurs analyses structurales, allant de l’évaluation des structures secondaires par Dichroïsme Circulaire (CD) ou Spectroscopie Infrarouge à Transformée de Fourier (FTIR), à la résolution de structure tridimensionnelle par cryo-microscopie électronique (Cryo-EM), spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (NMR) ou par cristallographie et diffraction aux rayons X.
Nous avons accès pour ces analyses, aux instruments suivants :
Microscopes électroniques à transmission :
FEI Tecnai F20 200kV FEG
Thermo Scientific GLACIOS 200kV FEG
Spectromètres :
950 MHz Bruker Avance III HD Liquide / Solide
850 MHz Bruker Avance III HD Liquide
600 MH Bruker Avance III HD Liquide / Solide
Cristallographie et diffraction aux rayons X :
Robot de cristallisation « TTP-Labtech nanovolume crystallisation » et robot de visualisation
Accès au synchrotron de l’ESRF
Méthodes – Information sur la protéine/l’échantillon
Dichroïsme Circulaire – % structures secondaires
Spectroscopie Infrarouge à Transformée de Fourier (FT-IR) – % structures secondaires
Microscopie à Force Atomique (AFM) – Orientation de la protéine et validation des domaines transmembranaires
Cryo-EM – Structure tridimensionnelle
Diffraction aux rayons X – Structure tridimensionnelle
RMN
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des protéines.
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